月収としては、28万円～29万円を前後するくらいが平均となります。

フリーのプログラマの方が、請負作業などに従事した場合には、時給1500円～1600円程度に留まってしまうケースが多いようです。

プログラマとして生き残っていくために、深夜までの作業、短納期の仕事も請け負いながら、新技術を学ぶ機会を作っていく必要があります。
最近は、アメリカだけではなく、インドや中国のプログラマが、高い技術を身に着けて、日本で就職口を求めるケースも増えているので、日本人プログラマにとっては、今後ますます厳しい環境が予想されるでしょう。
過酷な環境にありながら、平均年収が400万円～420万円という数値をどう考えるか、非常に難しいところです。

ただ、「年賃金構造基本統計調査」というのは、さまざまな企業から抽出調査を行い、平均値を求めるものです。

プログラマの働き方が多様化していますし、優秀なプログラマを受け入れるべく、さまざまな努力を行っている企業もあります。
一方で、ブラック企業と呼ばれる過酷な環境を当たり前のように続けている企業、フリーのプログラマになろうとして、挫折してしまう人などもいます。

これらをひとくくりにした統計情報ですので、あくまでも参考程度にとどめるのが良いでしょう。